1、阻碍发育：小儿患有阴茎畸形病症，不及时治疗将会影响其正常发育和日后正常性功能。
2、影响排尿：阴茎扭转的表现就是阴茎头偏离中线，会导致男人无法正常站立排尿。造成很多患者心理压力。
3、无法房事：无论是何种阴茎畸形，都会使得房事难以正常进行，严重影响双方感情。
4、难以生育：在房事的后，畸形的阴茎往往不能将精液顺利摄入女方的阴道深处，也就无法使得女方怀孕。
阴茎畸形比较多见，以先天畸形为主，现简述如下：
(1)包茎：正常男子的阴茎皮肤较薄，近阴茎头部的皮肤向内反折成双层，覆于阴茎上，称为包皮。若包皮口狭小，紧包阴茎头不能将包皮向上翻转而显露阴茎头时称为包茎。小儿出生时包皮与阴茎头之间存在粘连称为先天性包茎。还有一种后天性包茎是继发于阴茎头包皮炎，包皮口形成瘢痕性挛缩所致。
(2)隐匿阴茎：是指耻骨部脂肪过多，而附着于阴茎体的阴茎皮肤不足，以致阴茎隐匿于耻骨部的皮肤 (3)阴茎阴囊转位：又称阴茎前阴囊。是阴囊长到了阴茎前面，因并发其他严重畸形多不能存活，故临床罕见。完全性阴囊转位不多见，部分阴茎阴囊转位者常伴发尿道下裂。
(4)阴茎扭转：从阴茎的解剖结构可知，阴茎由背侧的两个阴茎海绵体和腹侧正中的一个尿道海绵体组成，在发育过程中，若阴茎海绵体发育不对称时，就发生了阴茎扭转，其扭转的程度由阴茎海绵体发育不平衡程度决定。
(5)蹼状阴茎：即从阴囊有一条薄的皮肤延续到阴茎腹侧，出现阴茎阴囊融合的情况。
(6)重复阴茎：包括分叉形阴茎，完全重复阴茎及另有一异位阴茎三种情况，以分叉形阴茎发生率为高。重复阴茎可只是于阴茎头或包括全阴茎体。
(7)无阴茎：患者天生未长阴茎，尿道开在会阴、肛门附近甚至直肠内。本病十分罕见，约200万个新生男孩中有一例。
(8)大阴茎：顾名思义，与同年龄的人比较阴茎过大，称大阴茎。一般来说，正常成人阴茎7～10厘米，勃起时可增大一倍。本病多发生于青春期早熟，先天性痴呆，侏儒症，垂体功能亢进及肾上腺功能亢进者。
(9)小阴茎：正常男性新生儿阴茎长度平均为3.5～7厘米，而小阴茎多不足1厘米，进入青春期，男性小阴茎呈儿童型。
(10)先天性阴茎弯曲：是由于位于阴茎腹侧的尿道海绵体变短，使阴茎弯向腹侧。
温州光明医院泌尿外科， 是浙江省批准成立的温州泌尿外科医院，被中性学会选定为合作单位并设立临床，是浙江省生殖健康服务指定医疗单位。光明泌尿外科在努力提高临床治疗水平的同时，积很举办各类际间学术交流，为促进我泌尿外科疾病治疗水平与际接轨做出了相当贡献。
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